Una molécula proteica puede actuar en la reacción sólo si está doblada en la forma exacta y útil como para que contribuya a la etapa intermedia de la reacción. La forma en que cada enzima se dobla, depende de los aminoácidos que la constituyen. Ligeras interacciones propias de cada aminoácido que forma la cadena proteica pueden tener un gran efecto en la forma que ésta se dobla.

Es muy posible que cambiando un determinado aminoácido, la enzima modifique su estructura terciaria y que incluso llegue a ser más eficiente en su acción catalizadora. Se podría por ejemplo, ir cambiando pacientemente aminoácido por aminoácido, y con cada cambio ver cómo funciona la enzima. Pero esto es tedioso y da sólo resultados al azar. Por eso Stephen Mayo y Daniel Bolon del Instituto Tecnológico de la Universidad de California en Pasadena, decidieron desarrollar un método más sistemático, mediante un programa computacional, que permite decidir qué aminoácidos son necesarios para catalizar una determinada reacción. (New Scientist, Diciembre 8, 2001, pág. 12).

El programa se alimenta por una descripción de las moléculas comprometidas antes, durante y después de la reacción. Basado en ello se puede presumir la forma que una enzima debe tener para que intervenga en una determinada reacción. Para ello se necesita previamente tener un modelo tridimensional de la enzima, junto con sus respectivas cargas, además de estar familiarizada con la estructura y propiedades de los aminoácidos individuales que la constituyen. Es toda esta información la que necesita el modelo.

Luego, de acuerdo al resultado del modelo, es simple la construcción de la enzima. Para ello se sintetiza el trozo de DNA que codifica para los aminoácidos que la forman, transfiriéndolo luego a una bacteria, que en un medio de cultivo apropiado, sintetiza la enzima. Siguiendo esta técnica, los autores han logrado sintetizar la enzima que cataliza la transformación del "para.nitrofenil acetato" (PNPA), en "para-nitrofenol" (PNP) y "acetato".

Sin duda que esto es un gran paso, y se espera que en el futuro puedan sintetizarse enzimas que catalizan procesos más complejos. Con ello se doblaría la mano a la naturaleza, que a través de la evolución, ha demorado miles de millones de años para llegar a las enzimas perfectas.