Juan Pablo II comenzó su pontificado con una declaración histórica. Es así como en el año 1979 pagó tributo a Galileo como cristiano, manifestando que se debía rehabilitar su memoria, reconociendo lo por él sostenido y lamentando lo injusto del castigo que impuso la Inquisición. Esta fue una declaración que trataba de cerrar la brecha que desde el siglo XVII se había establecido entre la religión y la ciencia.

El Papa consolidó a la Academia Pontificia de Ciencias del Vaticano, la que durante su papado celebró sesiones plenarias regulares, cada dos años, asistiendo a cada una más de veinte científicos de todo el mundo, no sólo católicos, sino también de otras tendencias. En una de ellas, Juan Pablo II anunció personalmente el ganador de la medalla de oro Pío XI, asignada para un científico joven. También incorporó a más de 70 científicos como miembros vitalicios de la academia, incluyendo al astrónomo Max Perutz y a Charles Townes, co-inventor del láser.

El Papa señaló que cuando un científico explora los fenómenos físicos o biológicos, se haya de hecho, adquiriendo el sentido más profundo de percepción por las maravillas de la creación y la infinita maestría del Creador. Si el avance de la ciencia parece demostrar que el Universo no es eterno y que nació en una gran explosión, confirma lo revelado y el hombre sólo ha conocido algo más de los mecanismos del proceso. Si el hombre descubre la molécula del DNA e incluso la puede modificar, sólo ha adquirido un conocimiento más de cómo se inició el proceso vital. Sin embargo, en una ocasión el Papa les dijo a los cosmólogos reunidos en la residencia de verano de Castel Gandolfo: no es para ustedes el preguntarse que ha sucedido antes del big bang".

El Papa refiriéndose a la Biblia dijo: "La Biblia no desea enseñar cómo se hizo el Cielo, sino cómo alcanzar el Cielo". En una carta enviada a la Academia Pontificia de Ciencias, refiriéndose a la Teoría de la Evolución, manifestó textualmente: "La evolución física del hombre y las otras especies, es ya más que una sola hipótesis. Es ciertamente destacable que esta hipótesis se haya enraizado progresivamente en la mente de los investigadores, luego de una serie de descubrimiento en diferentes esferas del conocimiento. La convergencia no ha sido buscada ni provocada de los diferentes resultados de estudios llevados a cabo con independencia entre unos y otros, lo que constituye en sí mismo un importante argumento a favor de la teoría". También en la misma carta, el Papa Juan Pablo II, señala que la iglesia considera al alma humana una creación divina inmediata y no sujeta a proceso evolutivo. Más tarde, en la culminación de una conferencia de Neurociencia, celebrada en el Vaticano, confirmó que la persona humana esta compuesta dualísticamente por cuerpo y alma.

Con la misma fortaleza y claridad, también condenó la destrucción de embriones humanos, ya que afirmó que el embrión era una vida humana y por lo tanto inviolable. En su último trabajo "Memoria e Identidad", publicado en Marzo del 2005, criticaba a las democracias que han legalizado el aborto, comparándolos con los masivos asesinatos de la época nazi. Desde su punto de vista, "el pluralismo es equivalente al relativismo moral". Ahora habrá que esperar como se las maneja su sucesor, porque el hombre va a seguir investigando.