Se puede extraer por ejemplo, a la peligrosa "Escherichia coli 0157:H7" (la bacteria del burger), que puede ser mortal para las personas que ingieran carnes contaminadas con ella (Enfermedades transmitidas a través de los alimentos). El procedimiento consiste en recubrir el nanotubo con moléculas de galactosa, las que se pegan a las proteínas de la superficie de la bacteria (ver figura). Cada nanotubo lleva cientos de moléculas de galactosa, por lo que pueden capturar y aglutinar un gran número de bacterias al mismo tiempo. Una vez aglutinadas, se extraen por filtración.

También los nanotubos pueden usarse para extraer otras bacterias, como por ejemplo el Campilobacter jejuni, que con mucha frecuencia se encuentra en los pollos (Alimentos sanos y seguros: Un desafío permanente). En este caso se pega al nanotubo otro azúcar: la manosa, que se une a receptores en la superficie del C. Jejuni.

En teoría podrían también usarse los nanotubos para extraer bacterias de la sangre. Claro que previamente habría que eliminar cualquier efecto tóxico de los nanotubos (New Scientist, Febrero 19, 2005, pág. 24).