Sin embargo Juan Pablo II en unan carta que escribió a la Academia Pontificia de Ciencia en el año 1996, refiriéndose a la teoría de la evolución, argumentaba: "La evolución física del hombre y otras especies, es ya más que una sola hipótesis. Es ciertamente destacable que esta hipótesis se haya enraizado progresivamente en la mente de los investigadores, luego de una serie de descubrimientos en diferentes áreas del conocimiento. La convergencia no ha sido buscada ni provocada de los diferentes resultados de estudios llevados a cabo con independencia entre unos y otros, lo que constituye en sí mismo un importante argumento a favor de la teoría". También en la misma carta, el Papa Juan Pablo II, señalaba que la iglesia considera al alma humana una creación divina inmediata y no sujeta a proceso evolutivo (El Papa Juan Pablo II y la Ciencia).

La afirmación del Cardenal Schönborn preocupó a Lawrence Kraus del Case Western Reserve University en Ohio, junto a Francisco Ayala de la Universidad de California en Irvine, y a Kennet Miller de Brown University en Rhode Island, todos prominentes católicos evolucionistas. Por ello solicitaron al Papa Benedicto XVI que detuviera una nueva división que ya había sido erradicada, entre el método científico y las creencias religiosas.

Probablemente con relación a ello, el Vaticano emitió recientemente una firme defensa de Charles Darwin y criticó severamente a los fundamentalistas cristianos que rechazan su teoría de la evolución e interpelan literalmente el relato bíblico de la creación.

El cardenal Paul Poupard, jefe del Consejo Pontificio para la Cultura, señaló que la descripción del Génesis, de cómo Dios creó el Universo y la teoría de la evolución de Darwin eran, "perfectamente compatibles" si se leía la Biblia correctamente.

Su declaración fue un claro ataque a aquellos que hacen campaña en pro del creacionismo en los Estados Unidos, quienes ven la evolución y el relato del Génesis como mutuamente excluyentes.

"Los fundamentalistas quieren dar un significado científico a las palabras que no tienen ningún objetivo científico", manifestó hace algunos días el prelado francés en una conferencia de prensa vaticana. Agregó que el mensaje real del primer capitulo del Génesis era que " el Universo no se hizo por si solo y tuvo un creador”.

Esta idea era parte de la teología, enfatizó el cardenal Poupard, mientras que los detalles precisos de cómo sucedieron la creación y el desarrollo de las especies, pertenecían a un reino diferente: la ciencia.

"La ciencia y la teología actúan en campos diferentes, cada uno en lo suyo", indicó, precisando que era importante para los creyentes católicos saber cómo la ciencia veía las cosas “para entenderlas mejor”.

Sus declaraciones fueron interpretadas en Italia como un rechazo a la visión del "diseño inteligente", la cual afirma que el Universo es tan complejo, que algún ser superior debe haber diseñado cada detalle. En Estados Unidos, este punto de vista es a menudo defendido por grupos que sostienen que en las escuelas no se debería enseñar sólo la visión Darwiniana.