Debido a la interacción conjunta se ha llevado a considerar que la flora intestinal forma parte de nosotros mismos (Nuestra flora intestinal es parte de nosotros mismos). Con ello también consideramos nos pertenece su genoma (microbioma). Con ello resulta que nuestros genes son muchos más de los que habíamos pensado. Mas aún si esas bacterias aportan otros genes de su propiedad que nosotros no poseemos.

Se estima que el número de células microbianas que existen en el intestino, supera en 10 veces el total de células del organismo, ya que el volumen de una célula microbiana es menor que las células de nuestros tejidos. En todo caso, esto significa que los microbios existentes en el intestino de un determinado individuo, representa un volumen de 1 a 1.5 kilos. En su variedad constitutiva, significa que contienen 100 veces más genes que nuestro escuálido genoma, formado por 2.85 mil millones de bases. Nuestros genes y los de ellas llegan a formar un gran superorganismo que funciona como un todo.

Según Steven Gill y sus asociados del Institute for Genomic Research en la Escuela de Medicina de la Universidad de Stanford, en el interior del intestino, ya se han descrito aproximadamente 70 divisiones de Bacterias diferentes y 13 divisiones de Arqueas. Pero todas ellas en conjunto están dominadas por dos divisiones bacterianas: las "Bacteriodetes" y las Firmicutes, que en su conjunto forman mas o menos el 99% de las bacterias hasta ahora identificadas, más una bacteria metanogénica, llamada Methanobrevibacter smithii. Ello no significa que pueden haber diferencias significativas entre diferentes individuos (Science, vol. 212, Junio 2006, pág. 1355).

Se sabe que estas bacterias influyen en diversos procesos en nuestro organismo, como la maduración del sistema inmune, la modulación de las respuestas a la injuria de las células epiteliales, el incremento del balance energético, más varias otras funciones que nuestro organismo por su limitación genética no es capaz de realizar, incluyendo procesos de xenobiosis. Ellas por la estructura de su microbiona, enriquecen el metabolismo de glicanos, de aminoácidos, de xenobioticos, y la génesis de metano, además de mediar en la síntesis de vitaminas (vitamina K, por ejemplo) e isopropanoides. Por todo ello, el ser humano y sus bacterias intestinales debe ser considerado como un superorganismo, cuyo metabolismo representa una amalgama de atributos genéticos propios de los microbios y nuestros atributos propios de los humanos.