Hoy CRISPR es la más avanzada tecnología que se haya desarrollado, permitiendo intervenir con precisión en la estructura de un determinado gene. Ella supera a todo lo descrito, incluyendo la técnica desarrollada hace algunos años, llamada "nucleasas dedo de zinc" (2006). Esta era lenta, costosa e imprecisa (Nueva técnica para reparar genes: las proteasas dedo de zinc). Ahora CRISPR permite cortar con gran precisión el DNA en un determinado gene, ya sea con el objeto de modificar su acción o hasta mezclar genes de organismos no relacionados.

Se trata de una poderosa y útil herramienta, tanto para la investigación básica, como aplicada. Mediante ella se podrá corregir enfermedades genéticas en humanos, o combatir y prevenir pestes en las plantas, modificar alimentos (El complejo CRISPR en los alimentos transgénicos), modificar características en el ganado e incluso tratar sus enfermedades genéticas (Aplicaciones de CRISPR en los cerdos).

Sin embargo, el uso del CRISPR puede también plantear profundos problemas éticos, ya que, al introducir modificaciones del DNA de humanos, estas persistirán en forma permanente, lo que significa que se podrán expresar en futuras generaciones. Pueden también utilizarse para alterar genoma de diferentes especies animales o vegetales, interviniendo su línea evolutiva o en su rol ecológico.

Preocupa muy especialmente que CRISPR se llegue a utilizar para modificar embriones humanos con propósitos de investigación. Pero más preocupante aún es que CRISPR no solo se utilice para prevenir defectos genéticos, sino para inducir cambios morfológicos durante el desarrollo del embrión (Inglaterra autoriza secuenciar el genoma de células embrionarias humanas). Se teme que, conociendo esta capacidad, los padres pueden sentirse tentados a "solicitar hijos a pedido", con las características que ellos deseen: sexo, color de los ojos, color de la piel, del cabello, o una talla determinada para que cuando ellos fueran adultos o que no fueran obesos, ni se les cayera el pelo prematuramente.

En la actualidad se discute si el empleo del CRISPR debiera regularse en la misma forma que hasta ahora se ha estado haciendo con las plantas y animales que han sido modificados por la llamada "manipulación genética", que anula o modifica la acción de un determinado gene (Manipulación genética de los alimentos). Canadá, por ejemplo, dentro de su legislación, establece expresamente que las plantas a las cuales se les ha introducido una nueva característica, deben ser clasificadas y reguladas como transgénicos, cualquiera sea la tecnología que se haya usado para ello. Sin embargo, el Departamento de Agricultura de los Estados Unidos, opina que las plantas o animales alterados por la tecnología CRISPR no tienen que someterse a la legislación de "Transgénicos". Piensan que el proceso de la evolución está constantemente produciendo mutaciones a consecuencia de alteraciones específicas de algún gene, tal como se produce mediante la tecnología CRISPR. Es probable que la discusión continúe por mucho tiempo.