Uno de estos conflictos fue el surgido entre Galileo Galilei y la iglesia en el siglo XVII. Este último fue condenado por la inquisición por haber sostenido que la Tierra giraba alrededor del Sol y no el Sol alrededor de la Tierra. Otro conflicto crónico y más reciente fue el surgido frente a las hipótesis de Charles Darwin de la Evolución de las Especies, hipótesis que con el correr del tiempo se ha ido consolidando como una realidad. Es así como el rápido avance de la biología y antropología han ido confirmando las observaciones empíricas de Darwin, en el sentido que la vida ha tenido un origen común y que probablemente ella ha evolucionado desde lo más simple y primitivo hasta lo más complejo, incluyendo al hombre.

El Papa Juan Pablo II, frente a estas discrepancias y reconociendo errores anteriores de la Iglesia, ha insistido en la necesidad de acerca la religión a la ciencia. Es así como ha manifestado que hoy se debe rehabilitar la memoria de Galileo Galilei, reconociendo lo por él sostenido y lamentando lo injusto del castigo de la Inquisición. Por otra parte, en los últimos días, en una carta enviada a la Academia Pontificia de Ciencias, refiriéndose a la Teoría de la Evolución, manifestó que la evolución física del hombre y las otras especies "es ya más que sólo una hipótesis". Sin embargo, dejó él también claro, que la Iglesia considera el alma humana como una creación divina inmediata y no sujeta al proceso evolutivo.

Señala el Papa que "es ciertamente destacable, que esta teoría se haya enraizado progresivamente en la mente de los investigadores, luego de una serie de descubrimientos en diferentes esferas del conocimiento. La convergencia que no ha sido buscada ni provocada, de los diferentes resultados de estudios llevados a cabo con independencia entre unos y otros, constituye en sí misma un importante argumento a favor de esta teoría".

Es necesario destacar que muchos de los conflictos surgidos han nacido de una aparente contradicción entre las interpretaciones de la Biblia, libro revelado por Dios y las observaciones de los científicos. Sin embargo ya San Agustín (años 354-420), había reconocido el peligro de aferrarse a una determinada interpretación de la Biblia y escribió: "Algún día puede ser investigada la verdad más a fondo y entonces esa interpretación puede con razón, quedar en nada". También San Alberto Magno (años 1200-1280) y Santo Tomás de Aquino (años 1225-1274), hicieron énfasis en que la Biblia no podía tomarse como un libro de enseñanza científica.

En una carta que Galileo (decidido creyente) le escribió a su amigo Benedetto Castelli, le decía: "La Biblia es infalible, no puede equivocarse, pero sí sus interpretaciones". En la explicación de los fenómenos de la naturaleza, la interpretación de la Biblia, debe ajustarse a los seguros resultados de la investigación científica. De esta forma, las dos verdades, una realizada por Dios en la naturaleza, otra revelada por él, en las Sagradas Escrituras, jamás podrán entrar en conflicto.

La religión busca la verdad. La ciencia también la busca. Puesto que la verdad necesariamente tiene que ser una, la ciencia y la religión deben encontrarse. Es por ello que el mayor homenaje al Creador, debería rendirlo precisamente el científico. Cuando un científico explora los fenómenos físicos o biológicos, se haya de hecho, adquiriendo el sentido más profundo de percepción por las maravillas de la creación y la infinita maestría del Creador.

Si el avance de la ciencia parece demostrar que el Universo no es eterno y que éste nació en una Gran Explosión, confirma lo revelado y el hombre sólo ha conocido algo más de los mecanismos del proceso. Si el hombre descubre la molécula del DNA e incluso la puede modificar, sólo ha adquirido un conocimiento más de cómo se inició el proceso vital.

Es evidente que no deben existir contradicciones entre ciencia y religión. Si las hay, es sólo por desconocimiento y dogmatismos de una u otra parte. Así lo parece entender el Papa Juan Pablo II, que en la Academia de Ciencias del Vaticano, señalo hace algún tiempo: "La colaboración entre la religión y la ciencia moderna, es ventajosa para ambos, sin que ningún caso se violen sus respectivas autonomías. Así como la religión requiere de libertad religiosa agregó, así también la ciencia requiere de libertad para desarrollar sus investigaciones". En otra ocasión, en el año 1982, el Papa refiriéndose a la Biblia dijo: "La Biblia no desea enseñar como se hizo el Cielo, sino como alcanzar el Cielo".

El avance del conocimiento, sin duda que continuará. Lo que el hombre ha alcanzado a conocer hasta hoy, es mínimo. Los nuevos descubrimientos que han de venir, debieran inducir a los creyentes a admirar aún más al Creador. Si algún día lejano el hombre llegara a conocerlo todo, tal vez ese día, al levantar la vista, repentinamente se daría cuenta que está a los pies del Creador.