Ya la existencia de agua en la Luna se sospechaba a pesar de que las rocas lunares que trajeron los astronautas de Apolo eran extremadamente secas. Los científicos afirmaban que la Luna, como otros cuerpos del espacio, eran constantemente impactados por cometas que están constituidos por masa de hielo sucio. Lo lógico es que estos hielos, a la elevada temperatura de la Luna rápidamente se derritieran y evaporizaran, perdiéndose el vapor de agua en el espacio. Sin embargo, los científicos sospechaban que algo del agua de estos cometas pudiera haber quedado en algunos cráteres profundos cuyos bordes proyectaran una sombra que protegieran permanentemente el agua del calor solar. Allí la temperatura sería de 120°C en forma permanente.

El radar de la nave Clementina, efectivamente reportó la existencia de agua mientras orbitaba en la Luna en el año 1996, pero desgraciadamente los radares ubicados en la Tierra no pudieron confirmar este hecho. Para resolver este problema se diseñó el Lunar Prospector, que está provisto de un nuevo instrumento que nunca antes había sido utilizado en la exploración planetaria. Se trata del espectrómetro de neutrones, operado por William Feldman del Laboratorio Nacional de Los Angeles Nuevo México, capaz de detectar neutrones producidos por los rayos cósmicos de alta energía que continuamente golpean la superficie lunar. Estos neutrones de rápido movimiento, golpean átomos y rebotan en la superficie lunar, para luego ser captados por la nave. Si ellos golpean un átomo de hidrógeno que está contenido en las moléculas de agua, disminuyen dramáticamente su velocidad lo que demuestra la presencia de agua. (ver gráfico)

Por medio de esta técnica, y después que el Lunar Prospector ha orbitado varias veces los polos de la Luna, los científicos han llegado a estar convencidos de la existencia de agua en algunos cráteres, protegidas por las sombras protegidas de ellos. Más aún, ellos concluyen que de acuerdo a sus cálculos, el 1% de la superficie lunar estaría cubierto por agua congelada, protegida del calor solar. Un m³ de suelo solar, contendría 20 litros de agua, lo que en total significaría entre 10 a 300 millones de m³ de agua, más que suficiente para colonizar la Luna durante siglos.

Pero lo más interesante es que del agua se puede extraer hidrógeno y oxígeno, elementos fundamentales para fabricar el combustible de cohetes. La próxima etapa, habiendo suficiente agua, es también llegar a explotar los minerales de la Luna.

También el hallazgo de agua en la Luna tiene otras implicancias, ya que lo probable es que además en los cráteres de otros planetas, que han sido constantemente bombardeados por cometas también contengan agua. Tal es el caso de Mercurio, que aún estando muy cerca del Sol, las sombras de los cráteres presentan temperaturas aún más bajas que la de la Luna, por lo que probablemente también en ese refugio existiría agua.