Pero introducir el gene dentro del núcleo de la célula y conseguir que éste se exprese llegando a sintetizar la proteína correspondiente, no es tarea fácil. Para ello se ha utilizado un truco, consistente en introducir el gene dentro del genoma de un virus inocuo, y con él contaminar las células de algún tejido. Como es sabido, los virus penetran la pared celular y se introducen al núcleo. De esta forma, junto a él y disfrazado, se puede introducir el gene deseado al núcleo de la célula. El virus actúa como vector (transportador), logrando que en el núcleo el gene introducido inicie el proceso de la síntesis proteica, curando así la enfermedad.

Sin embargo, siempre existe el temor de que este tipo de terapia pueda tener riesgos. Puede por ejemplo, que el virus que es aparentemente inocuo, se active dentro de las células y termine matándolas, lo que agravaría la enfermedad. Es por ello que en los Estados Unidos, antes de realizar la terapia génica en algún enfermo, se requiere del consentimiento de un comité de expertos (Recombinant DNA Advisory Committee-RAC). Es este comité el que, después de un profundo estudio, autoriza o no la terapia génica en cada caso.

Ultimamente se ha levantado gran revuelo por la muerte de una paciente de 18 años (Jesse Gelsinger), quien por padecer de una grave enfermedad hepática había sido tratada por terapia génica, utilizando un virus aparentemente inocuo (adenovirus). A raíz de ello, el RAC ha comenzado a investigar más, y ha encontrado que en los últimos años se han producido varias muertes en pacientes sometidos a terapia génica. Pero el problema está en saber si ellas son la consecuencia de la terapia génica o de la gravedad de la enfermedad que padecían (en muchos casos ellos padecían de cáncer u otra enfermedad incurable). Según French Anderson de la Universidad de California en los Angeles, "son varios los enfermos que han fallecido durante el tratamiento con genes, pero ellos han sido enfermos terminales (especialmente de cáncer). Este caso sería la primera paciente que fallece debido a la terapia génica misma".

El caso de Jesse, que ha levantado toda una polémica, se trataba de una enfermedad en la que su hígado no podía degradar el amonio. No tenía un riesgo vital, ya que estaba más o menos controlada a través de drogas y de una dieta baja en proteínas. Sin embargo, ella quiso formar parte de un grupo similar de enfermos que voluntariamente quería ensayar la terapia génica, como una terapia radical. Los investigadores planearon introducir el gene a la célula hepática usando un adenovirus modificado. Con el objeto de determinar la máxima dosis tolerable, los pacientes recibieron cantidades crecientes de adenovirus. Diecisiete pacientes de este grupo no tuvieron problemas, pero sí en cambio los tuvo Jesse. Su hígado comenzó a fallar, y luego se comprometieron también otros órganos, falleciendo después de unos días.

Ron Crystal del Centro médico de la Universidad de Cornell, ha tratado mediante terapia génica a 64 pacientes con enfermedades cardiacas, y de ellos han fallecido 6. Crystal cree que estas muertes se han debido a otras causas ajenas a la terapia misma, pero llegar a una conclusión definitiva es casi imposible. En todo caso el problema es complejo, ya que los pacientes que autoriza RAC para ser tratados mediante esta terapia, como regla general no tienen otra alternativa de tratamiento, y su enfermedad es incurable. Seguramente que el temor que se ha generado recientemente va a representar una dificultad más para seguir extendiendo y ensayando este tipo de tratamiento, lo que en definitiva va a limitar las esperanzas de otros pacientes que hasta ahora no tienen alternativa (New Scientist, Noviembre 13, pág. 15, 1999).

Por ahora lo probable es que RAC no autorice continuar utilizando el adenovirus como vector, por lo que habría que buscar otro virus aparentemente inocuo. Desde ya se sabe que el Food and Drug Administration, desde 1993 se ha opuesto al uso de este virus como vector para el tratamiento de la fibrosis quística, ya que se había observado que él, en algunas ocasiones, desarrollaba inflamaciones pulmonares.